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美国加州理工学院，是公认的世界一流大学，学生始终保持在2000人左右，却培养了30多名诺贝尔奖获得者。但这样一所学校如果拿到中国的某些排行榜来评比的话，很可能排不进前50名。上海交通大学熊丙奇教授直言不讳：现在国内一些大学排行榜强调的是大学规模——比如学生容量、校舍面积、仪器设备等，但是这些指标本质上属于大学办学的成本，是办学的投入，而非大学办学的实力，这样的榜单并不能如实反映大学的水平。
沈健介绍说，本次评比，在高校学科建设考察项中，主要选取了一级学科评比(占10%总权重)和国家重点学科(占30%总权重)两项指标。拿国家重点学科来说，在评比时采取了规模得分和结构得分相结合的办法，比重各占一半。规模得分来自一所学校的二级学科国家重点学科总数；结构得分来自该校二级学科国家重点学科总数与该校博士点总数的比值。最后将结果进行标准化处理，以供比较。
参与此次调查的研究人员发现，在考察一所大学的核心竞争力时，规模和结构这两个指标必须并重，才能最大程度上真实反映出学校的办学水平。如果只强调规模，就无从真正考察到一所学校的办学质量。比如在某排行榜中，一些刚刚获得本科招生资格的专科学校仅仅因为有着庞大的学生数量，其“人才培养”得分比许多重点大学还要高。这显然是荒谬的，也会误导考生志愿的填报。
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