为建立研究生培养质量的长效保障机制，培养高素质的创新型人才，山东大学积极探索研究生培养机制改革，在不改变原来研究生收费模式的基础上，大幅提高研究生“助研”奖学金的额度，并设立30余种优秀奖学金和项目奖学金，建立了一套完善的研究生奖、贷、助、补体系，为创新型研究生的培养创造优良的学习与生活条件。

山东大学研究生培养机制改革自2008年起已开始实行，但此项改革不涉及学生录取类别及收费政策的变动。录取为计划内（非定向、定向）的研究生享受学校A类学业奖学金，录取为山东省政府委托培养的研究生享受B类学业奖学金，A类、B类学业奖学金获得者均免收学费。根据这一政策，山东大学2008年录取的硕士研究生除MBA等专业学位外，超过90%的不用交纳学费，博士生除单位委培外100%不用交纳学费。据悉，2009年山东大学研究生不交纳学费的比例还将会比2008年有所增加。

山东大学还建立了完善的研究生奖、贷、助、补体系，全面保障在校研究生的学习、生活与科研。在奖学金设置方面，山东大学加大资金投入，大量增加了研究生奖学金的种类与额度。首先，除定向培养、单位委培外的所有研究生均享受 “助研”奖学金，其中硕士生每月不少于300元，博士生每月不少于800元。其次，学校还设有研究生优秀奖学金和项目奖学金30余种，对学习和科研成绩突出的研究生进行奖励，奖励覆盖面超过15%，最高奖励金额24000元。另外，山东大学每年还提供约1500人次的研究生“助教”、“助管”岗位，每个岗位提供每月200元的岗位奖学金。

在资助家庭困难研究生方面，学校也采取了一系列措施。首先，学校为所有研究生（除定向和单位委培外）购买了医疗保险，极大地缓解了研究生特别是家庭困难的研究生因意外伤害、重大疾病等意外灾难给研究生带来经济上的困难。其次，学校在“助教”、“助管”岗位设置与安排上也优先安排家庭经济困难的研究生，力争使每一个家庭困难的研究生都有相应的助学岗位。另外，学校还积极协助家庭困难的研究生申请国家助学贷款。对于因突发事件造成个人经济困难的研究生，学校还会及时发放一定额度的困难补助，帮助研究生渡过临时困难。